A 2006-2007 bajnokságot a Debrecen nyerte meg, és ezzel történelmet írt, mert elsőként sikerült vidéki csapatként háromszor egymás után bajnokságot nyernie.
A bajnokság érdekessége volt még, hogy a Ferencváros története során először nem volt tagja az élvonalnak. A korszerűtlen és felelőtlen gazdálkodás miatt az egyesület gazdasági helyzete katasztrofálissá vált. Az MLSZ eljárásának következtében a futballcsapat 2006-ban az NB.II-be került, ott azonban nem nyújtott megfelelő teljesítményt az első két évben, ezért három szezont is eltöltött a másodosztályban.
Aldo Dolcetti helyett Supka Attila, 9. forduló után
Debreceni VSC:
Supka Attila helyett Miroslav Beránek, 2. forduló után
Diósgyőri VTK:
nem volt
FC Fehérvár:
Csertői Aurél helyett Németh Zoltán (megbízott), 9. forduló után
Németh Zoltán helyett Marijan Vlak, 10. forduló után
FC Sopron:
Selymes Tibor helyett Roberto Landi, 2. forduló után
Roberto Landi helyett Selymes Tibor, 5. forduló után
Selymes Tibor helyett Csertői Aurél, a 15. forduló után.
Csertői Aurél helyett Dario Bonetti
FC Tatabánya:
Sisa Tibor helyett P. Nagy László (megbízott), a 21. forduló után
P. Nagy László helyett Tornyi Barnabás
Győri ETO:
Pajkos János helyett Reszeli Soós István (megbízott), a 16. forduló után
Reszeli Soós István helyett Klement István, a 17. forduló után
Kaposvári Rákóczi:
nem volt
MTK:
nem volt
Paks:
nem volt
Pécsi MFC:
Keszei Ferenc helyett Szabados József (játékos) az utolsó előtti fordulóban
REAC:
Urbán Flórián helyett Aczél Zoltán, 4. forduló után
Újpest FC:
Bicskei Bertalan* helyett Valére Billen, a szezon kezdete előtt
Valére Billen helyett Urbányi István
Vác:
Gergely Károly helyett Nicola Scitta a 18. forduló után
Vasas:
nem volt
ZTE:
Simon Antal helyett Nagy Tamás
*Bicskei Bertalan bár a bajnokságban nem ült a kispadon, de a felkészülést a bajnokságra vele végezte el a csapat, s közvetlenül a szezon előtt állították fel a kispadról.